《浙江海洋学院学报（自然科学版）》（原《浙江水产学院学报》）创刊于1982年，原为半年刊，1991年起改为季刊，同年被列为水产类中文核心期刊，联合国《水科学和渔业文摘》数据库收录刊物。 《浙江海洋学院学报（自然科学版）》1998年浙江水产学院与舟山师范专科学校联合成立浙江海洋学院，1999年起改为现刊名，2004年被列为国家科技部“中国科技论文统计源期刊”（中国科技核心期刊）；《中国生物学文摘》和中国生物学文献数据库收录刊物；作为核心期刊收录于“中国海洋文献数据库”及其检索刊物《海洋文摘》；另据中国科学技术期刊编辑学会国际交流工作委员会，中国高等学校自然科学学报研究会对外联络委员会2008年4月14日发布的美国《剑桥科学文摘（自然科学）》2007年收录中国期刊一览表，《浙江海洋学院学报》（自然科学版）除了被水科学与渔业文摘(1生物科学与生活资源)、水科学与渔业文摘(水科学与渔业文摘)作为核心期刊收录外，还曾被《环境科学与污染管理》、《生物科学》、《海洋技术、政策与非生活资源》,《生物科学与生活资源》、《水污染与环境质量》等文摘或数据库所收录。学报本着立足浙江，面向全国，为海洋水产事业服务，为地方海洋水产经济发展服务的办刊宗旨，主要刊登海洋、水产资源开发与利用，海洋渔业，渔业资源，水产增养殖技术与病害防治，水产品加工与综合利用，海洋环境保护，海洋与船舶工程，渔业机械与仪器，航海技术及海洋科学与水产科学基础研究等及与学校专业有关的学术论文、研究简报、综述等，在全国及浙江省综合质量评比中多次获奖。获奖情况：1994年浙江高等学校优秀学报评比二等奖；1995年全国高等农业院校学报“三优”评比优秀学报二等奖；1998年第二次全国水产报刊评比优秀报刊二等奖；2003年4月获首屆《CAJ－CD規范》执行优秀期刊奖。